En 2001 EPES adquirió  personalidad jurídica como una fundación independiente sin fines de lucro y cuatro años más tarde fundó la organización Acción para la Salud en las Américas, AHA, para contribuir desde los Estados Unidos a la sustentabilidad de su trabajo en Chile.

Fundación EPES ha impulsado una estrategia comunitaria de promoción y prevención en salud desde los enfoques de derechos, género y Determinantes Sociales de la Salud, poniendo en el centro de sus acciones los principios y metodologías de Educación Popular, implementando directamente, así como capacitando y asesorando equipos y profesionales para impulsar procesos educativo/organizativos participativos que reconozcan  los conocimientos y prácticas de quienes participan, sus memorias y trayectorias colectivas, de modo que las acciones preventivo promocionales, puedan efectivamente aportar a los procesos de mejora de las condiciones y calidad de vida de las comunidades, desde las prioridades, necesidades y condiciones de contexto por ellas identificadas.

En la trayectoria institucional de EPES, las problemáticas que identifican los sujetos y comunidades con los cuales se trabaja van direccionando el quehacer preventivo y promocional. Es así como, a través de los años, el trabajo concreto se ha orientado a la defensa y promoción del derecho a la salud, derecho a la alimentación, a una vida libre de violencia, respondiendo a las necesidades específicas de mujeres, personas viviendo con VIH/Sida y población migrante.